元朝秘史は元々口承文学である。元朝秘史の現存するテキストは、12巻本と15巻本がある。原典はウイグル文字によるモンゴル語で書かれたと考えられているが、既に失われている。ただ、17世紀のモンゴル語年代記『アルタン・トブチ』（黄金史）に元朝秘史と同系統の記述が含まれていることが知られ、モンゴル語による写本が存在した証拠と考えられている。
現存するテキストのうち12巻本は、明の洪武年間に原典のモンゴル語を漢字で音写し、さらに中国語の訳をつけたもので、本編10巻と続集2巻で構成される。一方、15巻本は永楽年間に12巻本を抄出して再構成し、『永楽大典』に収めたものである。
内容的には12巻のほうが優れているとされるが、15巻本は伝存する12巻本が写本を重ねる間に誤記したと思われる箇所を補うことができるため、12巻本の校勘などにも用いられうる。
12巻本は、漢字で音訳されたモンゴル語原文の個々の語彙に中国語で逐語訳をあて、さらに節ごとに抄訳を付け加えているので、当時のモンゴル語の語彙の発音や意味を分析することができ、中世モンゴル語研究の資料としても大きな価値をもつ。
なお、『元朝秘史』の書名は伝存本に付された中国語書名であるが、12巻本の冒頭にあるモンゴル語「忙中豁侖紐察脱察安」すなわち「Mongγol-un Niuča Tobča'an」（モンゴルン・ニウチャ・トブチャアン、「モンゴルの秘密の歴史」の意）を意訳したものと考えられる。
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